Наукова діяльність ХГЕУ має сприяти формуванню якісно нового типу вищого навчального закладу, заснованого на органічному поєднанні духовно-світської освіти з науково-дослідною діяльністю, що зумовлено необхідністю духовно-інноваційного оновлення суспільства, а отже, і системи наукових знань.
Принцип цілісності та гармонізації трьох складових у підготовці духовно-інтелектуального капіталу, а саме «освіти – досліджень – інновацій», є домінуючим у ХГЕУ та повністю відповідає розвитку системи вищої освіти в країнах Євросоюзу.
Науково-дослідна робота в ХГЕУ представляє собою роботу наукового характеру, що включає:
- науковий пошук вирішення актуальних соціальних проблем;
- роботу з грантовими проектами;
- забезпечення функціонування науки;
- підготовка та стажування наукових кадрів;
- проведення спільних міжнародних конференцій;
- семінарів, ділових зустрічей та ін. на основах християнського світогляду.